方震孺一日五次敲击内阁大臣的宅门，一边筹画国家大计，一边痛哭流涕；他向天启皇帝自请去辽东犒师。当时，三岔河以西四百里，人烟灭绝，军民尽数逃窜，文武将吏没有一个人敢向东去的。天启皇帝被方震孺的言行感动，发内帑资金二十万，给方震孺前去犒师。
方震孺出关召见将士们，”吊死扶伤“，军民人等都十分喜悦。天启皇帝接着任命方震孺为监管辽东军事的巡按，当时有人提出弃三岔河，退守广宁的建议，方震孺上疏道：“河广不七十步，一苇可航，非有‘惊涛怒浪’之险，不足恃者一。兵来，斩木为排，浮以土，多人推之，如履平地，不足恃者二。河去代子河不远，兵从代子径渡，守河之卒不满二万，能望其半渡而遏之乎?不足恃者三。沿河百六十里，筑城则不能，列栅则无用，不足恃者四。黄泥洼、张叉站冲浅之处，可修守，今地非我有，不足恃者五。转眼冰合，遂成平地，间次置防，犹得五十万人，兵从何来?不足恃者六。“又言:“我以退为守，则守不足;我以进为守，则守有余。专倚三岔作家，万一时事偶非，榆关（山海关）一线遂足锁蓟门（此处指京城）哉?“
方震孺要求在广宁驻兵镇守。军法不严，请求天启皇帝任命自己做宁前监军，专斩逃军逃将。天启皇帝听从了他的建言。
胡子睿认为熊廷弼确实是个懂军事的人才，自古到今，无数战役表明，处处设防，只会被动挨打，处处被动，面对敌人来势汹汹的攻击，只有“诱敌深入”，待其“孤军深入“之际，予以痛击才是上策。
王化贞著有《普门医品》四十八卷，他以《本草纲目》等蓝本，结合多种医籍中的单方、验方，并分成了中风、伤寒、瘟疫等很多种类，每类列举病例及所开方剂，康熙三十三年（公元一千六百九十四年），御医郎廷模认为《普门医品》有很多古方、良方、奇方，仿照王化贞的风格增补了四卷。
然而，王化贞虽然是个杏林高手，平生医冶病人无数，对自己的偏执症，却不能”照方抓药“；王化贞为人有“朝气勃发“、“慷慨激昂“的一面，但是他性格也有非常偏执的一面，因为有保全广宁的功绩，他被朝廷委以重用，这让王化贞更加“刚愎自用“，对别人的正确意见听不进去，这次，王化贞感觉自己被熊廷弼摆了一道，心里忌恨上了熊廷弼，他索性摆出一付让熊廷弼完全负责军事，自己做“甩手掌柜“的意思。
王化贞既然对熊廷弼不满，于是处处跟熊廷弼唱反调，熊廷弼用的人，王化贞就诋毁他，熊廷弼要用钱，王化贞就克扣；俗话说：”一个巴掌打不起来！“熊廷弼为人亦是”盛气凌人“、”有仇必报“，得罪了朝中不少人，有很多人暗地里厌恶他；久而久之，王化贞、熊廷弼两人经略、巡抚不和的消息传得人人皆知。
王化贞与投降建虏的明朝将领李永芳取得联系，李永芳欺骗王化贞说自己愿意当内应，只要王化贞一发兵，他就响应；李永芳其实是个双面间谍，明帮王化贞，实则李永芳是建虏的人；王化贞上了李永芳的当，又奉人便说插汉虎墩兔汗（即林丹汗）愿意助兵四十万，遂欲以不战取全胜，更给天启皇帝上书言道：“敌人弃辽阳不守，河东失陷将士日夜望官军至，即执敌将以降。而西部虎墩兔、炒花咸愿助兵。敌兵守海州不过二千，河上止辽卒三千，若潜师夜袭，势在必克。敌南防者闻而北归，我据险以击其惰，可尽也。”
兵部尚书张鹤鸣相信了王化贞的妄言，给天启皇帝进言“机不可失“!于是，天启皇帝命令熊廷弼进驻广宁，蓟辽总督王象乾移镇山海。熊廷弼不得已出山海关，在右屯驻守，上奏道：”海州取易守难，不宜轻举“。兵部催促王化贞进师。王化贞不学习军事，轻视像建虏这样的大敌，只想借蒙古人来成功，兵马、粮草、甲仗一切军事事务都放任不管，终于因为插汉虎墩兔汗的军队没有出动而无功而返。
”臣既任经略，四方援军宜听臣调遣，张鹤鸣径自发戍，不令臣知。七月中，臣咨部问调军之数，置今两月，置不答。臣有经略名，无其实，辽左事惟枢臣（张鹤鸣）与抚臣（王化贞）共为之。”
熊廷弼后来给天启皇帝上奏道：“抚臣恃西部，欲以不战为战计。西部与我，进不同进，彼入北道，我入南道，相距二百余里，敌分兵来应，亦须我自撑拒。臣未敢轻视敌人，谓可不战胜也。臣初议三方布置，必使兵马、器械、舟车、刍茭（干草、牛马的饲料）无一不备，而后克期齐举，进足战，退亦足以守。今临事中乱，虽枢臣主谋于中，抚臣决策于外，卜一举成功，而臣犹有万一不必然之虑也。”
胡子睿知道熊廷弼这道奏章一上，必然遭到张鹤鸣等人的反击；果然，天启皇帝听信了他们的谗言，在一次经筵（为皇帝讲经论史而专设的御前讲课）上，当面置疑熊廷弼推荐的人选，熊廷弼在跟天启皇帝答辨时。态度激烈，言辞中颇有激愤之处。
这年天气寒冷，十月份河流就结冰了，广宁流言四起，人人都说建虏今年必然渡河，纷纷起了逃窜的心思。王化贞见这样不是办法，于是与方震孺合计一番后，分兵守镇武、西平、闾阳、镇宁诸城堡，而以主力大军镇守广宁。
兵部尚书张鹤鸣亦以为广宁的安危，是件让人担心的事情，于是向天启皇帝奏请命熊廷弼出关。熊廷弼上书言道：“枢臣第知经略一出，足镇人心；不知徒手之经略一出，其动摇人心更甚。且臣驻广宁，化贞驻何地？鹤鸣责经、抚协心同力，而枢臣与经臣独不当协心同力乎？为今日计，惟枢部俯同于臣，臣始得为陛下任东方事也。”他这番言语虽然肯切，张鹤鸣心中不悦。