朝廷决议进行军制改革：“并团营复祖制，将十二团营、两官厅官军悉并入五军营，仍分中、左、右、哨、披五枝，每枝添设坐营官一人，参将二人，游击二人，三千、神机及五军所属二千围子手等营俱如故。自古宦官不得典兵，今大营内，尚有内臣、提督、监枪等项，不下二三十人，此辈既不知兵，又专役占为务，俱宜裁革。“
在军制改革、汰淘冗员后，接下来，又针对之前春、秋各部轮番进行操练的弊端，进行了改革：”自今请令于五月中旬赴京，各都司统率入营一体操练，至十一月中旬回休息，不必两班赴京，如此则每岁京营秋防之时，可得十五六万人，比之招募尤为省费。“这些建议上报嘉靖皇帝，制曰：”可！“
后来在隆庆年间，隆庆和议达成，明朝与蒙古之间结束了长期的战争；到了万历年间，俺答部因为争夺顺义王之位，四分五裂，风头渐渐被“插汗”部取代，其首领就是林丹汗或前文所说的虎敦兔汗。广宁之败后，从广宁到山海关之间的大片地区，原本居住的百姓纷纷逃亡，“插汗”部等蒙古部落乘虚而入，在这里放牧。
王在晋、孙承宗短暂的同事生涯中，还有一件大事，那就是所谓的十三山义民事件；原来广宁之战失利后，大部分难民都跑到了山海关，然而因为辽东有以锦州、义州为首几个地方的百姓，就没有及时撤退。建虏刚刚占领锦州、义州之时，便遣三骑持赤帜传令，宣称自髡者不杀，当时民众普通不愿意剃发，他们说我辈死不足惜，一旦剃头作了鞑子，他日被官军（明军）剿灭，死后都不得安生。为了减弱百姓们的抵抗，建酋假倖倖地表示只要顺从满州风俗，剃发易服，我们就保证你们的生命财产安全。
然而，此前一再发誓会善待百姓的努尔哈赤，很快就“背信弃义”地露出了狰狞面目，奴酋据封贮府库，先将官府的金、银搜取一空，随后又开始“挖地三尺”地收刮民间的财富，建虏用牛、马、车辆运输收刮来的金钱财货，一连运了数日都没有运尽，可见金额何止数百万。
建虏甚至连民众的衣服也要收刮，努尔哈赤作了硬性规定，大户人家留九件衣服，中等人留五件衣服，下等人留三件衣服，其余的全部上交，建虏随后将这些衣服摆放在演武场，首先供旗人挑选，挑选完后再将这些衣服赠与蒙古贵族，原来西部蒙古最爱绸缎衣物，建虏以此来讨好他们。
建酋为了加强对占领地区汉民的控制，防止他们逃亡或者与明朝串联，经常大批迁移民众；努尔哈赤在占据广宁不到十天，将财物收刮干尽后，不顾当时还是“冰天寒地”的隆冬季节，下达文书让辽河以西的民众迁到辽河以东；锦州民众迁到辽阳，广宁民众迁到沈阳，右屯、义州民众迁到金州、复州。
建虏的所谓迁移活动，就是强制搬迁，常常是先烧房，努尔哈赤曾经指示：“预先调查城内有那些坚固的地方，首先要加以破坏，放火烧毁全部房屋。头一天放火没烧完的房，第二天再放火烧，城门也不留下，剥下铁放火烧。务必将其全部烧成灰烬，”
建虏除了纵火外，然后对普通百姓也以兵刃向加，使得你就算呆在原地也无法生存，迫使你不得不离开；而那些被迫迁移的人，到了指定的地点，往往也是除了携带的包袱之外“一无所有”；此外建虏还征发极其苛重的兵役：“家有父子五人者抽三人为兵，有三人者抽二人。”
锦州当时有妇女儿童七千六百三十四人、男子六千一百五十人，总计一万三千七百八十四人；右屯卫被迁徙男子四千五百三十七人、人口总数八千八百六十四人，二者合计被迁徙的男丁数为一万零六百八十七人、总人数为二万二千六百四十八人。按照建虏自己颁布的“计丁授田”的标准，以每丁六垧来计算，理论授田的标准为六万四千一百二十二垧，可是建虏根本没有这么多田授与，于是只能采取“大户合于大家，小户合于小家，房合住，粮合吃，田合耕”，没有田可授的辽民，则变为农奴。
建虏的种种“倒行逆施”，严重破坏了当地的生产力；辽东在建虏兴起前，曾经是“田人富谷，泽人富鲜，山人富材，海人富货”，“家给人足，都鄙廪庾皆满，货贿羡斥”的地区；在努尔哈赤掌权后，竟然变成了饥荒频繁、田舍荒废、斗米斗金的悲惨世界。
锦州、义州的民众不愿意沦为奴隶，纷纷逃往十三山堡（今锦州凌海县）、戚家堡、双堡等地；聚集在这些地方的民众数以万计，这些人在大侠杨三的指导下，誓死抵抗李永芳所统领的建虏进攻，并向明朝求援。
围绕着怎样救这些民众，孙承宗和王在晋出现了分歧；袁崇焕向孙承宗请命道：“将五千人驻宁远，以壮十三山势，别遣骁将救之。宁远去山二百里，便则进据锦州，否则退守宁远，奈何委十万人置度外？”
袁崇焕出生于万历十二年（公元一千五百八十四年），字元素，籍贯广东东莞；万历四十七年(公元一千六百一十九年)中进士；授邵武知县。为人慷慨有胆略，好谈论兵事。遇老校退役兵卒，辄与之讨论塞上事，知晓边关情形，向来以有边才自许。
天启二年正月，御史侯恂向天启皇帝请求破格启用袁崇焕，遂擢为兵部职方主事；广宁溃败，当时廷议扼守山海关，袁崇焕力辩无果后，一怒之下即单骑出阅关内外；兵部中人见袁主事失踪，寻之，家人亦莫知所往。袁崇焕还朝，上书言关上形势。曰：“予我军马钱谷，我一人足守此。”廷臣在天启皇帝面前称颂袁崇焕之才，天启皇帝遂擢为佥事，监督关外军情，发帑金二十万，用来招募兵马。